Se describen e ilustran dos nuevas especies del género Siphoneugena O. Berg (Myrtaceae) y se provee una clave de identificación para las especies del mismo. Siphoneugena minima Loza & A. Fuentes se encontró en un bosque montano del Parque Nacional Madidi y S. glabrata Loza & P. Jørg. en los bosques de Alnus Mill. de la Reserva Natural Choquetanga–Choquercamiri. Se discuten semejanzas y diferencias morfológicas entre S. minima con S. delicata Sobral & Proença y S. reitzii D. Legrand; la característica más marcada que distingue a S. minima de las demás especies es la presencia de botones y flores sésiles. Siphoneugena glabrata se comparó con S. densiflora O. Berg, S. dussii (Krug & Urb.) Proença y S. occidentalis D. Legrand, pero difiere de estas especies por presentar las ramas jóvenes glabras.